学校紧紧围绕现代农业发展，以国家和区域经济社会发展需求为导向，赓续稼穑，举教兴农，科学研究敢于“顶天”。先后承担联合国全球环境基金、欧盟项目、国家973计划、863计划、国家重点研发计划、科技支撑计划、国家基金重点项目等各级各类项目4571项，科研经费达18.5亿元；获国家科学技术进步二等奖、国家技术发明二等奖、联合国粮农组织（FAO）科学研究一等奖、国际农业研究（CGIAR）杰出科学奖、何梁何利科学技术进步奖、云南省科学技术杰出贡献奖、云南省科技进步特等奖等国际、国家及省部级奖励470（第一单位356）项。先后在《Nature》《Science》发表封面文章3篇，在农业生物多样性控制病虫害、异种器官移植、葡萄生物资源研究、滇型杂交水稻育种、普洱茶功效及产品开发、动植物种质发掘等领域的研究处于世界领先水平。农业科学、植物与动物科学2个学科进入ESI全球排名前1%。
围绕全面推进乡村振兴战略，坚持服务社会甘于“立地”，扎实开展定点帮扶、兴边富民、农业科技进藏区、校地校企合作等农科教社会服务。与省内各州（市）及700多家企业签订合作协议，建立全方位、深层次、多领域的合作关系。连续8年被云南省委、省政府表彰为年度社会扶贫先进集体。2021年朱有勇院士和学校国内合作与社会服务处分别荣获全国脱贫攻坚先进个人、全国脱贫攻坚先进集体。
